首(shou)先(xian)是(shi)毒(du)性(xing)問(wen)題(ti)。一(yi)些(xie)研(yan)究(jiu)學(xue)者(zhe)認(ren)為(wei)
，對(dui)於(yu)基(ji)因(yin)的(de)人(ren)工(gong)提(ti)煉(lian)和(he)添(tian)加(jia)，可(ke)能(neng)在(zai)達(da)到(dao)某(mou)些(xie)人(ren)們(men)想(xiang)達(da)到(dao)的(de)效(xiao)果(guo)的(de)同(tong)時(shi)，也(ye)增(zeng)加(jia)和(he)積(ji)聚(ju)了(le)食(shi)物(wu)中(zhong)原(yuan)有(you)的(de)微(wei)量(liang)毒(du)素(su)。 　　

其次是過敏反應問題。對於一種食物過敏的人有時還會對一種以前他們不過敏的食物產生過敏，比如：科學家將玉米的某一段基因加入到核桃、小麥和貝類動物的基因中

，蛋白質也隨基因加了進去，那麼
，以前吃玉米過敏的人就可能對這些核桃
、小麥和貝類食品過敏。 　　

第三是營養問題。科學家們認為外來基因會以一種人們目前還不甚了解的方式破壞食物中的營養成分。 　　

第di四si是shi對dui抗kang生sheng素su的de抵di抗kang作zuo用yong。當dang科ke學xue家jia把ba一yi個ge外wai來lai基ji因yin加jia入ru到dao植zhi物wu或huo細xi菌jun中zhong去qu
，這zhe個ge基ji因yin會hui與yu別bie的de基ji因yin連lian接jie在zai一yi起qi。人ren們men在zai服fu用yong了le這zhe種zhong改gai良liang食shi物wu後hou，食shi物wu會hui在zai人ren體ti內nei將jiang抗kang藥yao性xing基ji因yin傳chuan給gei致zhi病bing的de細xi菌jun
，使shi人ren體ti產chan生sheng抗kang藥yao性xing。 　　

第di五wu是shi對dui環huan境jing的de威wei脅xie。在zai許xu多duo基ji因yin改gai良liang品pin種zhong中zhong包bao含han有you從cong杆gan菌jun中zhong提ti取qu出chu來lai的de細xi菌jun基ji因yin
，這zhe種zhong基ji因yin會hui產chan生sheng一yi種zhong對dui昆kun蟲chong和he害hai蟲chong有you毒du的de蛋dan白bai質zhi。在zai一yi次ci實shi驗yan室shi研yan究jiu中zhong
，一yi種zhong蝴hu蝶die的de幼you蟲chong在zai吃chi了le含han杆gan菌jun基ji因yin的de馬ma利li筋jin屬shu植zhi物wu的de花hua粉fen之zhi後hou，產chan生sheng了le死si亡wang或huo不bu正zheng常chang發fa育yu的de現xian象xiang
，這zhe引yin起qi了le生sheng態tai學xue家jia們men的de另ling一yi種zhong擔dan心xin，那na些xie不bu在zai改gai良liang範fan圍wei之zhi內nei的de其qi它ta物wu種zhong有you可ke能neng成cheng為wei改gai良liang物wu種zhong的de受shou害hai者zhe。 　　

最zui後hou，生sheng物wu學xue家jia們men擔dan心xin為wei了le培pei養yang一yi些xie更geng具ju優you良liang特te性xing
，比bi如ru說shuo具ju有you更geng強qiang的de抗kang病bing蟲chong害hai能neng力li和he抗kang旱han能neng力li等deng
，而er對dui農nong作zuo物wu進jin行xing的de改gai良liang，其qi特te性xing很hen可ke能neng會hui通tong過guo花hua粉fen等deng媒mei介jie傳chuan播bo給gei野ye生sheng物wu種zhong。