固相雜交
固相雜交（solid-phase hybridization）是將變性的DNA固定於固體基質（硝酸纖維素膜或尼龍濾膜）上，再與探針進行雜交，故也稱為膜上印跡雜交。

斑步雜交（dot hybridization）

是道先將被測的DNA或RNA變性後固定在濾膜上然後加入過量的標記好的DNA或RNAtanzhenjinxingzajiao。gaifadetedianshicaozuojiandan
，shixianbuyongxianzhixingneiqiemeixiaohuahuoningjiaodianyongfenlihesuanyangpin
，kezaitongyizhangmoshangtongshijinxingduogeyangpindejiance；根gen據ju斑ban點dian雜za並bing的de結jie果guo，可ke以yi推tui算suan出chu雜za交jiao陽yang性xing的de拷kao貝bei數shu。該gai法fa的de缺que點dian是shi不bu能neng鑒jian定ding所suo測ce基ji因yin的de相xiang對dui分fen子zi質zhi量liang
，而er且qie特te異yi性xing較jiao差cha，有you一yi定ding比bi例li的de假jia陽yang性xing。

印跡雜交（blotting hybridization）

Southern印跡雜交：凝膠電離經限製性內切酶消化的DNA片段，將凝膠上的DNA變性並在原位將單鏈DNApianduanzhuanyizhixiaojixianweisumohuoqitaguxiangzhichiwushang
，jinggankaoguding，zaiyuxiangduiyingjiegoudeyibiaojidetanzhenjinxingnashijiaofanying，yongfangshexingzixianyinghuomeifanyingxianse，jiancetedingdaxiaofenzidehanliang。kejinxingkelongjiyindemeiqietupufenxi
、基因組基因的定性及定量分析、基因突變分析及限製性長度多態性分析（RELP）等。

Northern印跡雜交:由Southerm印雜交法演變而來
，其被測樣品是RNA。經甲醛或聚乙二醛變性及電泳分離後，轉移到固相支持物上
，進行雜交反應，以鑒定基中特定mRNA分子的量與大小。該法是研究基因表達常用的方法，可推臬出癌基因的表達程度。

差異雜交（differential hybridization）

是將基因組文庫的重組噬菌體DNA轉移至硝酸纖維素膜上，用兩種混合的不同cDNA探針（如：轉移性和非轉移性癌組織的mRNA逆轉錄後的cDNA）分別與濾膜上的DNA雜交，分析兩張濾膜上對應位置雜交信息以分離差異表達的基因。適用於基因組不太複雜的真核生物（如酵母）表達基因的比較，假陽性率較低。但對基因組非常複雜的鹽酸核生物（如人），則因工作量太大
，表達的序列所占百分比較低（僅5％左右），價值不大。

cDNA微點隈雜交（cDNA microarray hybridization）

是指將cDNA克隆或cDNA的PCR產物以高度的列陣形式排布並結合於固相支持物上（如：尼龍膜或活化的載玻片）以微點陣，然後用混合的不同DNA探針與微點陣上的DNA進行雜交。再利用熒光
、化學發光、共聚焦顯微鏡等技術掃描微點陣上的雜交信息。它比差異雜交技術的效率高
、速度快、成本低
，適用於大規模的分析。已成商品問世。其缺點是無法克服保守的同源序列及重序對雜交信息的幹擾。

寡核苷酸微點隈雜交（oligonucleotide microarray hybridization）

是在特殊的固相支持物上原位合成寡核苷酸
，使它共價結合於支持物表麵
，與平均長度為20-50nt的混合RNA或cDNA探針進行雜交
，以提高雜交的特異性和靈敏度。應用共聚焦顯微鏡可檢測跨越三個數量級的雜交信息。適用於低豐度mRNA的檢測，以區分基因家族不同成員的差異表達特征
，或鑒定同一轉錄在不同組織和細胞中的選擇性剪接。但有工作量較大
、成本較高、速度較慢等弱點。

液相雜交（solution hbridization）

指使變性的待測核酸單鏈與放射笥核素標記的已知的酸單鏈（探針）在zai溶rong液ye中zhong保bao溫wen
，使shi之zhi形xing成cheng雜za交jiao複fu合he物wu。反fan應ying結jie束shu後hou，用yong羥qiang磷lin灰hui石shi法fa或huo酶mei解jie法fa將jiang未wei被bei雜za交jiao的de單dan鏈lian和he雜za交jiao雙shuang鏈lian分fen開kai，然ran後hou結jie膈ge後hou在zai雜za妝zhuang分fen子zi中zhong的de探tan針zhen量liang，就jiu可ke推tui算suan出chu被bei測ce的de核he酸suan量liang。

遞減雜交（subtractive hybridizatio）

是利用兩種來源一致而功能不同的組織細胞提取mRNA（或逆轉錄成的cDNA）,在一定的條件下以過量的驅動mRNA或cDNA與測試的單鏈cDNA或mRNA進行液相雜交，通過羥基磷灰石柱層析篩選除去兩者間同源的雜交體。經多輪雜交策選
、除去兩者之間相同的基因成分，保留特異表達的目的基因或工基因片段。以後者篩選cDNA文庫，可獲得特異表達的目的基因cDNA全長序列。

核酸原位雜交

用特定標記的已知順序核酸作為探針與細胞級或組織切片中核酸進行複性雜交並對其實行檢測的方法，稱為核酸原位雜交（nucleic acid hybridization in situ）。用來檢測DNA在細胞核或染色休上的分布，與細胞內RNA進行雜交以研究該組織細胞中特定基因表達水閏
；還用於細胞
、組織中有無特異性菌
、病毒檢測的研究。

該法的優點是特異性高

，可精確定位；能在成分複雜的組織中進行單一細胞的研究而不受同一組織中其他成分的影響
；不需要從組織中提取核酸
，對於組織中含量極低的靶序列有極高的敏感性
；並可完整地保持組織與細胞的形態。因此被廣泛應用於醫學生物學的研究，如基因定位

、基因製失
，基因易位、特異基因整合部物色檢測等研究。近年來由定性發展到定量
，方法更為完善。

DNA分子克隆技術（也稱基因克隆技術）

在體外將DNA分子片段與載體DNA片段連接，轉入細胞獲得大量拷貝的過程中DNA分子克隆(或基因克隆)。其基本步驟包括：製備目的基因→將目的基因與載體用限製性內切酶切割和連接
，製成DNA重組→導入宿主細胞→篩選、鑒定→擴增和表達。載體（vecors）在細胞內自我複製
，並帶動重組的分子片段共同增殖，從而產生大量的DNA分子片段。主要目的是獲得某一基因或NDA片段的大量拷貝

，有了這些與親本分子完全相同的分子克隆，就可以深入分析基因的結構與功能，隨著引入的DNA片段不同，有兩種DNA庫，一種是基因組文庫（genomic library）,另一種是cDNA庫。
 

核酸序列測定

DNA的堿基序列決定著基因的特性，DNA序列分析（測序，sequencing）是分子生物學重要的基本技術。無論從基因庫中篩選的癌基因或經PCR法fa擴kuo增zeng的de基ji因yin
，最zui終zhong均jun需xu進jin行xing核he酸suan序xu列lie分fen析xi，可ke藉ji以yi了le解jie基ji因yin的de精jing細xi結jie構gou，獲huo得de其qi限xian製zhi性xing內nei切qie酶mei圖tu譜pu，分fen析xi基ji因yin的de突tu變bian及ji對dui功gong能neng的de影ying響xiang
，幫bang助zhu人ren工gong俁yu成cheng基ji因yin
、設she計ji引yin物wu，以yi及ji研yan究jiu腫zhong瘤liu的de分fen子zi發fa病bing機ji製zhi等deng。測ce序xu是shi在zai高gao分fen辨bian率lv變bian性xing聚ju丙bing烯xi酰xian胺an凝ning膠jiao電dian泳yong技ji術shu的de基ji礎chu上shang建jian立li起qi來lai的de。目mu前qian最zui常chang用yong的de方fang法fa有youMaxam-Gilbert的化學降解少和Sanger的雙脫氧法等，近年來已有DNA序列自動測定儀問世。化學降解法是在DNA的片段的5`端標記核素，然後用專一性化學試劑將DNA特異地降解
，在電泳和自顯影後，可得到從標記端延伸的片段供測讀序列和進行比較。一般能讀出200-250個核苷酸序列。雙脫氧法是采用核苷酸鏈終止劑
，如：2`，3`-雙脫氧核苷三磷酸ddNTP(如ddTTP、ddTTP、ddGTP和ddCTP中的一種)摻入到DNA鏈中以終止鏈的延長，與摻入4種正常的dNTP的混合物分成四組進行反應
，這樣可得到一組結尾長衙不一
、不同專一性核苷酸鏈終止劑結尾的DNA片段

，經凝膠電泳分離和放射自顯影，可讀出合成的DNA核苷酸序列
，根據堿基互補原則，可推算出模板DNA分子的序列。

化學降解法隻需一化學試劑，重複性好，容易掌握；而雙脫氧法需單鏈模板、特異的寡核苷酸引物及高質量的DNA聚合酶，便隨著M13噬(shi)菌(jun)體(ti)載(zai)體(ti)的(de)發(fa)明(ming)和(he)運(yun)用(yong)，合(he)成(cheng)的(de)引(yin)物(wu)容(rong)易(yi)獲(huo)得(de)，測(ce)序(xu)技(ji)術(shu)不(bu)斷(duan)改(gai)進(jin)，故(gu)此(ci)法(fa)已(yi)被(bei)廣(guang)泛(fan)應(ying)用(yong)。基(ji)脫(tuo)氧(yang)法(fa)的(de)自(zi)動(dong)激(ji)光(guang)熒(ying)光(guang)測(ce)序(xu)儀(yi)，使(shi)測(ce)工(gong)作(zuo)更(geng)快(kuai)速(su)和(he)簡(jian)便(bian)，而(er)且(qie)保(bao)證(zheng)高(gao)度(du)重(zhong)複(fu)性(xing)。至(zhi)於(yu)RNA測序現大多采用將mRNA逆轉錄成cDNA後同測序
，然後反推RNA序列

聚合酶鏈反應技術

聚合酶鏈反應技術簡稱PCR技術，是一種利用DNA變性和複性原理在體外進行特定的DNA片斷高效擴增的技術，可檢出微量靶序列（甚至少到1個拷貝）。在模板DNA
、引物和四種脫氧核糖核苷酸存在的條件下依賴於DNA聚合酶的酶促合成反應。僅需用極少量模板，在一對引物介導下
，在數小時 內可擴增至100萬-200萬份拷貝。PCR反應分三步：變性
、tuihuojiyanshen。yishangsanbuweiyixunhuan，meiyixunhuandechanwuzuoweixiayigedemoban，zheyangjingguojiuxiaoshidexunhuan
，meiyixunhuandechanwuzuoweixiayigexunhuandemoban，zheyangjingguoshushangshidexunhuanhou，kededaodaliangfuzhideteyixingDNA片段。反應條件一般為94℃變性30秒
，55℃退火30秒
，70-72℃延伸30-60秒，共進行30次循環左右

，最後再延伸72℃5分鍾，4℃冷卻終止反應。