光學顯微鏡有多種分類方法：按使用目鏡的數目可分為雙目和單目顯微鏡；按圖像是否有立體感可分為立體視覺和非立體視覺顯微鏡；按觀察對像可分為生物和金相顯微鏡等；按光學原理可分為偏光、相襯和微差幹涉對比顯微鏡等

；按光源類型可分為普通光
、熒光、紫外光、紅外光和激光顯微鏡等；按接收器類型可分為目視、數碼（攝像）顯微鏡等。常用的顯微鏡有雙目體視顯微鏡、金相顯微鏡、偏光顯微鏡、熒光顯微鏡等。
1．雙目體視顯微鏡
雙目體視顯微鏡又稱"實體顯微鏡"或"解剖鏡"，是一種具有正象立體感地目視儀器。在生物、醫學領域廣泛用於切片操作和顯微外科手術

；在工業中用於微小零件和集成電路的觀測
、裝配
、檢查等工作。它利用雙通道光路，雙目鏡筒中的左右兩光束不是平行
，而是具有一定的夾角－－體視角（一般為12度－－15度），為(wei)左(zuo)右(you)兩(liang)眼(yan)提(ti)供(gong)一(yi)個(ge)具(ju)有(you)立(li)體(ti)感(gan)的(de)圖(tu)像(xiang)。它(ta)實(shi)質(zhi)上(shang)是(shi)兩(liang)個(ge)單(dan)鏡(jing)筒(tong)顯(xian)微(wei)鏡(jing)並(bing)列(lie)放(fang)置(zhi)
，兩(liang)個(ge)鏡(jing)筒(tong)的(de)光(guang)軸(zhou)構(gou)成(cheng)相(xiang)當(dang)於(yu)人(ren)們(men)用(yong)雙(shuang)目(mu)觀(guan)察(cha)一(yi)個(ge)物(wu)體(ti)時(shi)所(suo)形(xing)成(cheng)的(de)視(shi)角(jiao)，以(yi)此(ci)形(xing)成(cheng)三(san)維(wei)空(kong)間(jian)的(de)立(li)體(ti)視(shi)覺(jiao)圖(tu)像(xiang)。
目前體視鏡的光學結構是：由一個共用的初級物鏡
，對物體成象後的兩光束被兩組中間物鏡－－－－變焦鏡分開，並成一體視角再經各自的目鏡成象


，它的倍率變化是由改變中間鏡組之間的距離而獲得的，因此又稱為"連續變倍體視顯微鏡"（Zoom-stereomicroscope）。隨著應用的要求，目前體視鏡可選配豐富的選購附件，如熒光，照相，攝象
，冷光源等等。
2．金相顯微鏡
jinxiangxianweijingshizhuanmenyongyuguanchajinshuhekuangwudengbutoumingwutijinxiangzuzhidexianweijing。zhexiebutoumingwutiwufazaiputongdetousheguangxianweijingzhongguancha，gujinxiangheputongxianweijingdezhuyaochabiezaiyuqianzheyifansheguang，erhouzheyitousheguangzhaoming。zaijinxiangxianweijingzhongzhaomingguangshucongwujingfangxiangshedaobeiguanchawutibiaomian
，beiwumianfanshehouzaifanhuiwujingchengxiang。zhezhongfanshezhaomingfangshiyeguangfanyongyujichengdianluguipiandejiancegongzuo。
3．偏光顯微鏡（Polarizingmicroscope）
pianguangxianweijingshiyongyuyanjiusuoweitoumingyubutouminggexiangyixingcailiaodeyizhongxianweijing。fanjuyoushuangzheshedewuzhi，zaipianguangxianweijingxiajiunengfenbiandeqingchu，dangranzhexiewuzhiyekeyongransefalaijinxingguancha，danyouxiezebukeneng，erbixuliyongpianguangxianweijing。jiangputongguanggaibianweipianzhenguangjinxingjingjiandefangfa，yijianbiemouyiwuzhishidanzheshe（各向同行）或雙折射性（各向異性）。雙折射性是晶體的基本特性。因此，偏光顯微鏡被廣泛地應用在礦物、化學等領域，在生物學和植物學也有應用。
4．熒光顯微鏡
熒(ying)光(guang)顯(xian)微(wei)鏡(jing)是(shi)用(yong)短(duan)波(bo)長(chang)的(de)光(guang)線(xian)照(zhao)射(she)用(yong)熒(ying)光(guang)素(su)染(ran)色(se)過(guo)的(de)被(bei)檢(jian)物(wu)體(ti)，使(shi)之(zhi)受(shou)激(ji)發(fa)後(hou)而(er)產(chan)生(sheng)長(chang)波(bo)長(chang)的(de)熒(ying)光(guang)
，然(ran)後(hou)觀(guan)察(cha)。熒(ying)光(guang)顯(xian)微(wei)鏡(jing)廣(guang)泛(fan)應(ying)用(yong)於(yu)生(sheng)物(wu)，醫(yi)學(xue)等(deng)領(ling)域(yu)。
熒光顯微鏡一般分為透射和落射式兩種類型。透射式：激ji發fa光guang來lai自zi被bei檢jian物wu體ti的de下xia方fang，聚ju光guang鏡jing為wei暗an視shi野ye聚ju光guang鏡jing，使shi激ji發fa光guang不bu進jin入ru物wu鏡jing，而er使shi熒ying光guang進jin入ru物wu鏡jing。它ta在zai低di倍bei情qing況kuang下xia明ming亮liang，而er高gao倍bei則ze暗an，在zai油you浸jin和he調tiao中zhong時shi，較jiao難nan操cao作zuo，尤you以yi低di倍bei的de照zhao明ming範fan圍wei難nan於yu確que定ding，但dan能neng得de到dao很hen暗an的de視shi野ye背bei景jing。透tou射she式shi不bu使shi用yong於yu非fei透tou明ming的de被bei檢jian物wu體ti。落luo射she式shi：透tou射she式shi目mu前qian幾ji乎hu被bei淘tao汰tai
，新xin型xing的de熒ying光guang顯xian微wei鏡jing多duo為wei落luo射she式shi，光guang源yuan來lai自zi被bei檢jian物wu體ti的de上shang方fang，在zai光guang路lu中zhong具ju有you分fen光guang鏡jing，所suo以yi對dui透tou明ming和he不bu透tou明ming的de被bei檢jian物wu體ti都dou適shi用yong。由you於yu物wu鏡jing起qi了le聚ju光guang鏡jing的de作zuo用yong
，不bu僅jin便bian於yu操cao作zuo，而er且qie從cong低di倍bei到dao高gao倍bei，可ke以yi實shi現xian整zheng個ge視shi場chang的de均jun勻yun照zhao明ming。
目前許多新興生物研究領域應用到熒光顯微鏡，如基因原位雜交（FISH）等等。
5．相襯顯微鏡（Phasecontrastmicroscope）
在光學顯微鏡的發展過程中
，相襯鏡檢術的發明成功，是近代顯微鏡技術中的重要成就。我們知道，人眼隻能區分光波的波長（顏色）和振幅（亮度），對於無色通明的生物標本，當光線通過時，波長和振幅變化不大，在明場觀察時很難觀察到標本。 xiangchenxianweijingliyongbeijianwutideguangchengzhichajinxingjingjian，yejiushiyouxiaodiliyongguangdeganshexianxiang
，jiangrenyanbukefenbiandexiangweichabianweikefenbiandezhenfucha，jishishiwusetoumingdewuzhiyekechengweiqingxikejian。zhedadabianlilehuotixibaodeguancha
，yincixiangchenjingjianfaguangfanyingyongyudaozhixianweijingzhong。
6．微分幹涉對比顯微鏡（DifferentialinterferencecontrastDIC）
微分幹涉對比鏡檢術出現於60年nian代dai，它ta不bu僅jin能neng觀guan察cha無wu色se透tou明ming的de物wu體ti，而er且qie圖tu象xiang呈cheng現xian出chu浮fu雕diao壯zhuang的de立li體ti感gan，並bing具ju有you相xiang襯chen鏡jing檢jian術shu所suo不bu能neng達da到dao的de某mou些xie優you點dian
，觀guan察cha效xiao果guo更geng為wei逼bi真zhen。微wei分fen幹gan涉she對dui比bi鏡jing檢jian術shu是shi利li用yong特te製zhi的de渥wo拉la斯si頓dun棱leng鏡jing來lai分fen解jie光guang束shu。分fen裂lie出chu來lai的de光guang束shu的de振zhen動dong方fang向xiang相xiang互hu垂chui直zhi且qie強qiang度du相xiang等deng
，光guang束shu分fen別bie在zai距ju離li很hen近jin的de兩liang點dian上shang通tong過guo被bei檢jian物wu體ti，在zai相xiang位wei上shang略lve有you差cha別bie。由you於yu兩liang光guang束shu的de裂lie距ju極ji小xiao
，而er不bu出chu現xian重zhong影ying現xian象xiang
，使shi圖tu象xiang呈cheng現xian出chu立li體ti的de三san維wei感gan覺jiao。
7．倒置顯微鏡（Invertedmicroscope）
倒置顯微鏡是為了適應生物學、醫學等領域中的組織培養、細胞離體培養、浮遊生物

、環境保護、食品檢驗等顯微觀察。
由於上述樣品特點的限製，被檢物體均放置在培養皿（或培養瓶）中
，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為"倒置顯微鏡"。
由於工作距離的限製，倒置顯微鏡物鏡的最大放大率為60X。一般研究用倒置顯微鏡都配置有4X
、10X
、20X、及40X相差物鏡，因為倒置顯微鏡多用於無色透明的活體觀察。如果用戶有特殊需要，也可以選配其它附件，用來完成微分幹涉、熒光及簡易偏光等觀察。
目見倒置顯微鏡廣泛應用於patch-clamp,transgeneICSI等領域。
8．數碼顯微鏡
數碼顯微鏡是以攝像頭（即電視攝像靶或電荷耦合器）zuoweijieshouyuanjiandexianweijing。zaixianweijingdeshixiangmianchuzhuangrushexiangtouqudairenyanzuoweijieshouqi，tongguozhezhongguangdianqijianbaguangxuetuxiangzhuanhuanchengdianxinhaodetuxiang
，ranhouduizhijinxingchicunjiance、顆粒計數等工作。這類顯微鏡可以與計算機聯用


，這便於實現檢測和信息處理的自動化
，多應用於需要進行大量繁瑣檢測工作的場合。
目前出現一種便攜式數碼顯微鏡照相機
，簡稱數微相機。它將顯微鏡和數碼相機相結合，以同時達到顯微鏡觀察（Micro preview）和顯微攝影（Micro photography）的要求。最高物鏡顯微倍率可達150X，機身小巧，便於攜帶
，自備光源，可運用於多種場合。可直接與計算機、打印機（不需要電腦）、電視（不需要電腦）聯用。