1. 酸堿反應：細菌代謝碳水化合物，一般產生酸性物質；分解蛋白質或氨基酸，則產生堿性物質
，根據不同細菌的理化性質不同，測定細菌的分解底物導致PH值變化而產生的不同顏色，來判斷菌種。

2. 酶譜分析：根據細菌生長產生酶的特性，在測定底物中加入基質。使其與細菌生長過程中的酶結合成熒光物質，可以在較短的時間判定菌種。

3. 高壓液相色譜分析：用氣相色譜檢測細菌在液體培養基中的代謝產物（揮發和非揮發脂肪酸），結果與數據庫數據比較後
，得出鑒定結果。

4. 代謝指紋法：20世紀80年代初，美國BIOLOG公司開發了一種新的微生物鑒定方法-代謝指紋法，並將其應用於微生物的自動化檢測。其原理是根據細菌對碳源（或氮源）利用的差異來區別和鑒定細菌

，不同的細菌會利用不同碳源（或氮源）進入新陳代謝過程（稱為呼吸），而對其他一些碳源（或氮源）則無法利用，將每種細菌能利用和不能利用的一係列碳源（或氮源）進行排列組合

，就構成了該種細菌特定的代謝指紋，由於細菌在利用碳源進行呼吸時
，會發生一係列的氧化-還原反應
，產生電子，TTC（四唑紫
，2，3，5-TriphenylTetrazoliumChloride）在zai呼hu收shou電dian子zi後hou
，會hui由you無wu色se的de氧yang化hua型xing轉zhuan變bian為wei紫zi色se的de還hai原yuan型xing

，通tong過guo肉rou眼yan觀guan察cha或huo計ji算suan機ji控kong製zhi的de讀du數shu儀yi，將jiang反fan應ying結jie果guo同tong數shu據ju庫ku中zhong的de指zhi紋wen進jin行xing比bi對dui
，從cong而er得de到dao細xi菌jun的de鑒jian定ding結jie果guo。

BIOLOG公司的基於代謝指紋法原理的細菌鑒定係統，在全球擁有二十多項專利，該係統在在96孔板條上實現95gefanying，dadatigaolejiandingdezhunquelv
，daixiezhiwenjishudeyunyong，shigaixitongyuchuantongdesuanjianhuoxijundeshengchangfanyingxiangbi。xijunjiandingdefanweigengweiguangfan。muqian
，BIOLOG的微生物鑒定係統不僅能夠鑒定常見的腸杆菌
、芽孢杆菌
、棒狀杆菌、嗜血杆菌、厭氧菌、酵母樣真菌、絲狀真菌等近2000種微生物，幾乎覆蓋了所有重要的人體、動植物微生物和大部分環境微生物。

現在，美國半數以上的州立實驗室和國家疾控中心（CDC）都在使用BIOLOG公司的產品，十幾年來，BIOLOG公司在全球六十多個國家和地區共銷售了1700多套微生物鑒定係統，今天，BIOLOG公gong司si也ye來lai到dao了le中zhong國guo，與yu複fu星xing合he作zuo成cheng立li複fu星xing佰bai路lu
，其qi專zhuan為wei中zhong國guo臨lin床chuang市shi場chang開kai發fa的de基ji於yu代dai謝xie指zhi紋wen技ji術shu的de微wei生sheng物wu鑒jian定ding及ji藥yao敏min分fen析xi係xi統tong將jiang為wei臨lin床chuang實shi驗yan室shi和he廣guang大da患huan者zhe帶dai來lai更geng可ke靠kao的de微wei生sheng物wu檢jian測ce結jie果guo。