普通PCR儀
一般把一次PCR擴增隻能運行一個特定退火溫度的PCR儀，稱之為普通PCR儀。如果要用它做不同的退火溫度則需要多次運行。主要是用作簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。
主要應用於科研
、教學、臨床醫學、檢驗、檢疫等。

梯度PCR儀
一次性PCR擴增可以設置一係列不同的退火溫度條件（通常12種溫度梯度）的稱之為梯度PCR儀。因為被擴增的不同的DNA片段其最適合的退火溫度不同，通過設置一係列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增就可以篩選出表達量高的最適合退火溫度進行有效的擴增。主要用於研究未知DNA退火溫度的擴增
，這樣既節約時間，也節約經費。在不設置梯度的情況下亦可當做普通的PCR用。正真的梯度
，是每一排管都有精確的加熱控溫探頭，2009年為止隻有美國ABI公司可以做到。其他的都是從兩頭的熱傳遞來設計控溫。
梯度PCR儀多應用於科研、教學機構。

原位PCR儀
（有些品牌的PCR儀具有普通PCR、梯度PCR
、原位PCR的功能，通過替換模塊進行多用途開展實驗工作）
是用於從細胞內靶DNA的定位分析的細胞內基因擴增儀。如病原基因在細胞的位置或目的基因在細胞內的作用位置等。可保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體係滲透到組織和細胞中
，在細胞的靶DNA所在的位置進行基因擴增。不但可以檢測到靶DNA

，還能標出靶序列在細胞內的位置。於分子和細胞水平上研究疾病的發病機理和臨床過程及病理的轉變有著重大的實用價值。

實時熒光定量PCR儀
在普通PCR儀設計基礎上增加熒光信號激發和采集係統和計算機分析處理係統，形成了具有熒光定量PCR功能的儀器。其PCR擴增原理和普通PCR擴增原理相同，在PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒(ying)光(guang)素(su)等(deng)進(jin)行(xing)標(biao)記(ji)，使(shi)用(yong)引(yin)物(wu)和(he)熒(ying)光(guang)探(tan)針(zhen)同(tong)時(shi)與(yu)模(mo)板(ban)特(te)異(yi)性(xing)結(jie)合(he)擴(kuo)增(zeng)。擴(kuo)增(zeng)的(de)結(jie)果(guo)通(tong)過(guo)熒(ying)光(guang)信(xin)號(hao)采(cai)集(ji)係(xi)統(tong)實(shi)時(shi)采(cai)集(ji)信(xin)號(hao)連(lian)接(jie)輸(shu)送(song)到(dao)計(ji)算(suan)機(ji)分(fen)析(xi)處(chu)理(li)係(xi)統(tong)
，得(de)出(chu)量(liang)化(hua)的(de)實(shi)時(shi)結(jie)果(guo)輸(shu)出(chu)。
熒光定量PCR儀有單通道
，雙通道和多通道之分。當隻用一種熒光探針標記的時候，選用單通道
；有(you)多(duo)種(zhong)熒(ying)光(guang)標(biao)記(ji)的(de)時(shi)候(hou)使(shi)用(yong)多(duo)通(tong)道(dao)。單(dan)通(tong)道(dao)也(ye)可(ke)以(yi)檢(jian)測(ce)多(duo)熒(ying)光(guang)的(de)標(biao)記(ji)和(he)目(mu)的(de)基(ji)因(yin)表(biao)達(da)產(chan)物(wu)，因(yin)為(wei)一(yi)次(ci)隻(zhi)能(neng)檢(jian)測(ce)一(yi)種(zhong)目(mu)的(de)基(ji)因(yin)的(de)擴(kuo)增(zeng)量(liang)
，需(xu)多(duo)次(ci)擴(kuo)增(zeng)才(cai)能(neng)檢(jian)測(ce)完(wan)不(bu)同(tong)的(de)目(mu)的(de)基(ji)因(yin)片(pian)段(duan)的(de)量(liang)。多(duo)通(tong)道(dao)利(li)於(yu)做(zuo)多(duo)重(zhong)PCR

，實現一次檢測多種目的基因的功能。
實時熒光定量PCR儀主要應用於臨床醫學檢測、生物醫藥研發
、食品行業、科研院校等