破壞腸道細菌(消化係統)的生態平衡  抗kang生sheng素su能neng夠gou治zhi病bing是shi通tong過guo它ta殺sha死si或huo抑yi製zhi細xi菌jun的de生sheng長chang來lai達da成cheng的de，但dan它ta對dui細xi菌jun的de殺sha滅mie作zuo用yong是shi沒mei有you選xuan擇ze性xing的de
，也ye就jiu是shi不bu管guan是shi有you益yi還hai是shi有you害hai的de細xi菌jun它ta同tong樣yang殺sha滅mie
，這zhe就jiu造zao成cheng用yong藥yao的de同tong時shi把ba很hen多duo對dui豬zhu消xiao化hua吸xi收shou有you幫bang助zhu的de細xi菌jun如ru雙shuang歧qi杆gan菌jun、乳酸杆菌等也消滅了。豬體從采食飼料中得到的營養如氨基酸、鈣、磷、糖等等是由腸道吸收的，其中小腸是直接吸收器官，大腸則是通過對食物酵解(發酵)來完成對養分的吸收
，同時製造了部分體內所需要的營養如維生素，這個過程必須有（前麵說到的有益菌）參與才能順利完成，否則就會出現消化吸收不良而誘發腸胃病、生長發育不良等症狀。

形成藥物依賴或耐藥性  由you於yu長chang期qi濫lan用yong藥yao物wu，導dao致zhi豬zhu體ti內nei有you益yi細xi菌jun得de不bu到dao繁fan殖zhi，腸chang道dao生sheng態tai處chu於yu一yi種zhong不bu平ping衡heng狀zhuang態tai，一yi旦dan有you害hai細xi菌jun如ru大da腸chang杆gan菌jun，沙sha門men氏shi菌jun等deng適shi應ying了le藥yao物wu(產生耐藥性)，遇到環境變化(應激)或停藥，此時有害細菌就會大量繁殖而導致發病，這時候采用藥物治療效果就會大大降低，甚至完全失效。

過量用藥會導致內分泌失調  實踐證明長期大量使用抗生素
，會導致動物體內酶係統分泌能力下降
，從而直接影響食物的消化、吸收、轉化效率。