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菌種活化就是將保藏狀態的菌種放入適宜的培養基中培養，逐級擴大培養得到純而壯的培養物，即獲得活力旺盛的、接種數量足夠的培養物。菌種發酵有一般需要2-3代的複壯過程，因為保存時的條件往往和培養時的條件不相同，所以要活化，讓菌種逐漸適應培養環境。
一般菌種臨時存放及活化
1. 低溫保存管應存放於－20℃~－80℃之低溫條件下。
2. 準備37℃之70﹪酒精浴槽（隻能在電氣水浴槽中改放酒精，不可以火加溫，以免危險；若以37℃水浴取代，應避免水中微生物汙染），其中事先安放小試管架，液麵不可高達管塞。
3. 將低溫保存管從低溫保存條件中取出，置於37℃浴槽之小試管架上。
4. 不斷輕微搖動低溫保存管，液麵不可高至管塞，直至結冰完全溶解（約需2分鍾）。
無菌培養
1.用無菌微量吸管，從已溶解之低溫保存管 吸取 1-2滴之菌液，滴入固態指定培養基某一邊緣附近，以劃線法接種於培養基。
2.將接種好的培養基置於指定溫度的培養箱中培養。
平板劃線分離法
pingbanhuaxianfenlifashizhibahunzazaiyiqideweishengwuhuotongyiweishengwuquntizhongdebutongxibaoyongjiezhonghuanzaipingbanpeiyangjibiaomiantongguofenquhuaxianxishierdedaojiaoduodulifenbudedangexibao，jingpeiyanghoushengchangfanzhichengdanjunluo，tongchangbazhezhongdanjunluodangzuodaifenliweishengwudechunzhong。youshizhezhongdanjunluobingfeidouyoudangexibaofanzhierlaide，gubixufanfufenliduocicaikededaochunzhong。qiyuanlishijiangweishengwuyangpinzaigutipeiyangjibiaomianduocizuo“由點到線”稀釋而達到分離目的的。
1.手持金屬接種環，用酒精燈將接種環（共約5cm）燒至火紅，並不斷來回燒烤金屬固定杆之前約10公分，等待約10秒鍾，將接種環前端輕觸培養基邊緣凝膠（無菌體部份），待接種環完全冷卻後，以環沾黏菌滴，由培養基邊緣向中央輕輕橫劃緊接的並行線，直到涵蓋1/3培養基為止。
2.灼燒接種環，待數秒冷卻後，旋轉培養基自I區塗布的邊緣再橫劃數條線到未接種的區域。
3.重複2的動作完成。
4.灼燒接種環，將接種環歸位。
（1）金屬接種環
（2）平板劃線法
一般操作過程
1.在無菌操作下，用無菌微量吸管，從已溶解的管中吸取50μL（或1-2滴）的菌液，滴入固態指定培養基（培養基編號及溫度示於菌株訂購單）某一邊緣附近，以劃線法接種於培養基。
2.將接種好的培養基置於指定溫度的培養箱中培養。
3.在無菌環境下，以沾有75%酒(jiu)精(jing)的(de)棉(mian)花(hua)擦(ca)拭(shi)外(wai)管(guan)，在(zai)火(huo)焰(yan)上(shang)加(jia)熱(re)外(wai)管(guan)之(zhi)尖(jian)端(duan)。滴(di)數(shu)滴(di)無(wu)菌(jun)水(shui)於(yu)加(jia)熱(re)處(chu)，使(shi)外(wai)管(guan)破(po)裂(lie)，再(zai)以(yi)硬(ying)棒(bang)敲(qiao)破(po)尖(jian)端(duan)。取(qu)出(chu)隔(ge)熱(re)纖(xian)維(wei)紙(zhi)和(he)內(nei)管(guan)，以(yi)滅(mie)菌(jun)過(guo)的(de)鑷(nie)子(zi)取(qu)出(chu)內(nei)管(guan)之(zhi)棉(mian)塞(sai)。
4.（a）適用於細菌用無菌吸管，吸取0.3-0.5mL指定之液體培養基，滴入內管內，並輕微震蕩（可用該吸管協助），直到均勻懸浮。
（b）適用於黴菌、酵母菌用無菌吸管，吸取0.3-0.5mL無菌水，滴入內管內，待幹燥粉末溶解後，以無菌吸管吸取並滴入約含有5ml無菌水之試管內，輕微震蕩使其均勻後，靜置30至60分鍾。
5.取0.1-0.2mL之菌體懸浮液於指定的平板培養基上，做劃線分離培養或做成一係列之稀釋，用無菌L型玻棒均勻塗抹，以檢驗菌種之純度及活化情形，而剩餘的菌體則全部移入指定的液體培養基內，並依指定的溫度培養之。
6.某些菌種經過冷凍幹燥保存後，遲滯期(lagperiod)較長，必須等培養二倍時間後才能長出，且再經過一、二次繼代培養(Subculture)後才能正常生長。經過以上的努力後仍培養失敗，才視為不能活化。
