多(duo)序(xu)列(lie)比(bi)對(dui)在(zai)分(fen)子(zi)生(sheng)物(wu)學(xue)中(zhong)是(shi)一(yi)個(ge)基(ji)本(ben)方(fang)法(fa)，用(yong)來(lai)發(fa)現(xian)特(te)征(zheng)序(xu)列(lie)，進(jin)行(xing)蛋(dan)白(bai)分(fen)類(lei)
，證(zheng)明(ming)序(xu)列(lie)間(jian)的(de)同(tong)源(yuan)性(xing)，幫(bang)助(zhu)預(yu)測(ce)新(xin)序(xu)列(lie)二(er)級(ji)結(jie)構(gou)與(yu)三(san)級(ji)結(jie)構(gou)，確(que)定(ding)PCR 引物
，以及在分子進化分析方麵均有很大幫助
，Clustal W(Dos版本)很適合這些方麵的要求，Clustal X是window版本。

用Clustal比bi對dui後hou的de序xu列lie，有you時shi候hou我wo們men需xu要yao轉zhuan為wei圖tu片pian放fang在zai文wen章zhang作zuo詳xiang細xi方fang析xi，但dan大da部bu分fen人ren的de方fang法fa都dou是shi直zhi接jie截jie圖tu，這zhe樣yang的de後hou果guo就jiu是shi圖tu片pian一yi點dian都dou不bu美mei觀guan。如ru果guo你ni是shi想xiang要yao發fa表biao文wen章zhang或huo其qi它ta比bi較jiao重zhong要yao的de用yong途tu，圖tu片pian的de質zhi量liang還hai是shi需xu要yao高gao一yi點dian的de。

今天教大家如何把ClustalX的結果轉為漂亮的圖片的方法，你可以根據需要設置每一行顯示的字母數，是黑白的還是彩色的，夠酷吧。先來看個效果圖吧。

這裏需要用到兩個軟件 ，一個是Clustal X，這個就不用說了。這時相信你已經有了clusalX序列比對後的結果
，有兩個文件
，一個是.aln文件
，存放多序列比對的結果。一個是.dnd文件
，根據需要
，可以轉為係統發育樹圖
，這個就不在今天的教程內了，有需要以後可以講，-:)。

現在重點講另一個軟件 ，DnaMan。DNAMAN美國Lynnon Biosoft公司開發的高度集成化的分子生物學應用軟件

，幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質序列分析工作
，包換多重序列對齊、PCR引物設計、限製性酶切分析、蛋白質分析、質粒繪圖等。可往這裏下載：

http://www.pharmnet.com.cn/conf/rjsj /action.cgi?f=page_1_&t=page_1_&id=98227

1，打開DnaMan,依次打開“文件/打開指定的/多重比對”
，載入Clustal X比對後的.aln文件

2，點擊options，參數設置，在這裏，你可以設置每行顯示的序列
，是否顯示一致序列
，彩色或黑白等。

3
，點擊Output,shuchuweituxingwenjian，zheyangzijiudagonggaochengle，ruguohaibumanyi
，keyizaicanshushezhijinxingweitiao
，zhidaonimanyiweizhi。zhelixuyaozhuyi
，meicishuchutupiandouyaomingmingweibutongdewenjianming，haoxiangbuhuifugai，zhegebijiaoqiguai。shensebufenbiaoshiwanquanpipeidejianji，qianseweibufenpipei。